在使用反渗透膜系统进行水处理时，通常会由于各类原因导致膜系统无法长期连续运行，当膜系统停运超过一定的时间时，须根据膜系统停运的时间长短制定不同的保养措施。
1. 使用膜系统产品水作为进水冲洗（低压大流量）反渗透膜系统；2. 防止空气进入系统，冲洗至浓水和进水的电导率一致后应关闭相关管路和阀门；3. 防止细菌滋生，需要每隔24小时按上述方法冲洗一次，如环境温度高于27℃，应将冲洗频率调整为12小时一次。2. 配制（1.0%的亚硫酸氢钠）保护液进行循环冲洗并注满膜系统，关闭所有阀门防止空气进入膜系统使保护液失效；3. 每周检査保护液的pH值，当pH小于3时，需立即更换保护液；4. 每30天按上述方法冲洗并更换保护液，如环境温度高于27℃，应将把时间缩短为15天。5. 停机期间，膜系统存储温度应控制在（5-45）°C；6. 当系统再次使用时，请使用低压大流量的产水对膜系统进行冲洗1小时以上，再用高压冲洗（5-10）分钟，直到产水合格；注意冲洗前应把膜系统的产水排放阀全部打开，以免发生背压和不合格产水进入水